由于重庆的所有城门都被封锁，城内的官员、地主、豪强、恶霸一个都没有跑掉。之后重庆城戒严了三天，对残余的恶势力进行了全面清洗，石柱工作团随之进驻重庆，开展进一步的甄别审判工作。
而重庆的城防由人民军一个边防旅接管，攻城的山地旅和酉阳旅分散成营级单位对沿江的城镇、港口、码头、土匪山寨进行了全面清理，击毙各地土司兵、土匪、山贼、恶霸势力三万六千多人，抓捕一万多人，释放奴隶、被裹挟的百姓二万多人，重庆到夔州的沿江两岸为之一清，极大的震慑了当地的土司和恶势力，残余的土匪、山贼纷纷远遁，那些一会是民一会是匪的山民，全部被俘虏押送到攀枝花和云南去挖矿赎罪，不服从的都死的不能再死了。
这时候沿江两岸的土司纷纷前来石柱报到，表示服从人民军的调动和管理，严格管束手下，保证绝不再发生类似的事情！他们都吓坏了，平时就算是再打得狠，不过死几十上百人，最多也就是几百人。现在好了，一下死了三万多，好几个部族全部被灭，一个活口都没有留下，这特么的太吓人了，一下死光光！要不要这么狠？
其实这是人民军故意为之，那些老弱妇孺都被分散送到了其他根据地，造成了鸡犬不留的假象，就是为了震慑这些欺软怕硬的土司的。
这样一来，以重庆为中心的航运有了保障，人民军的物资、后勤补给、人员往来都可以做到畅通无阻，快速高效！重庆问题初步解决，沿江各地开展根据地建设后，问题会最终解决。
三、川南和贵州问题的解决
这是一个需要较长时间来解决的问题，只能一步步来。川南是个四分五裂的局面，被大大小小几十家土司和军阀占据，平时相互征战，甚至拉帮结伙的混战，需要慢慢梳理，逐个击破。
不过川南的杨展部兵力战力在川南都首屈一指，愿意服从调遣和指挥，是一个好的突破口，通过杨展的地盘慢慢掌控川南，形成又一个石柱根据地，稳固局面后再一举剿灭叛乱的水西安氏，彻底解决贵州问题，打通云南、贵州、四川的所有联系，是最后一步。
不得不说这朱燮元是一个战略眼光高超的统帅之才，计划制定的条分缕析，前后节点把握精准，投入人力物力都在可以控制的范围内，而且充分考虑了华夏的原则底线，不破坏基本政策的一贯性，不为了快一点就急功近利，丧失根本立场，政治手段也很高明，看来李天这是捡到宝了。今后的西南战区交给这个朱燮元应该没有什么大问题了！
来到石柱考察的朱燮元和“玩死你”相见恨晚，如胶似漆的交流了好几天。
朱燮元对人民军的战术原则也有了深刻的认识，内心佩服不已，之后就开始向孙传庭要“玩死你”到西南战区入职，孙传庭哪有那么好忽悠？根本就不答理，你找总参谋部去要要看，我这里忙的磨不开，袁可立老头那有一大堆参谋，可以支援一下的吧？官司打到袁可立老头那儿，老头也没有办法，“玩死你”只有一个，要不你们商量一下共同使用，时间一家一半平均分配怎么样？两人都坚决不同意，最后把诡计多端的尚可喜从北部战区调过来才算是了事。北部战区周遇吉通情达理，但是提了要调动到印度、西亚方向的条件。算是目前北部战区是大后方，没有仗打多没有意思不是吗？李天同意了周遇吉的请求，把他调往了果阿根据地，李平成调任北部战区接替周遇吉，事情才算是圆满解决！
在秦良玉、朱燮元解决成都蜀王的同时，孙传庭的襄阳战区也在准备大动作，罗汝才做了魏王不应该一直不动作，目前整个襄阳战区和四川方向连接成一片后，还有一个漏洞要补上--那就是汉阳府。拿下汉阳府襄阳战区的东南方向防御弱点就补上了，前提是华夏在长江的内河分舰队的实力足够强，目前来看是没有一点问题的。