遥远的未来，岩浆能源在地底被发现（地下开采的清洁能源，支撑着人类科学技术文明的产物），以其作为能源，人类实现了‘长生’。但毫无节制的开发岩浆能源让地面大规模沙漠化，并出现一种奇怪叫声，一切都被谜团覆盖的巨大生命体：叫龙。因地表沙漠化严重，以及叫龙的袭击，人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着发现岩浆能源作用的七贤者。
为了对抗尚未见过的巨型生物叫龙，一群被选中的孩子从小时候开始就被赋予编号，男女一组驾驶名为FRANXX的机甲，被选中驾驶FRANXX机甲的孩子，每人都会有一个代号。为种植园抵抗叫龙的袭击，是他们人生唯一的使命，无法做到这一点的孩子，就没有存在价值，会从种植园消失。
孩子们小时候，他们成长的地方通称“花园”，这里生活着上百的孩子们，是个驾驶员培育设施。当成年并具备驾驶FRANXX机甲的能力时，孩子们会被分配到各个种植园中。
在种植园当中建造的驾驶员居住设施“槲寄生”，通称“鸟笼”，他们需要留在“鸟笼”一起生活和受训。对外面的世界一无所知，对自由的天空一无所知。他们被告知的使命，只有战斗而已。他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明......