“你打算把大唐天下送给韦玄贞，你把社稷苍生当做物件想送给谁就送给谁！
你视国家大政如同小儿嘻戏！
你怎能沉稳当政？
你怎么还说没有罪？”
中宗李显无话可说，由程务挺等人牵押着，囚禁在皇宫一个角落的屋子里。
武太后又问群臣：
“嗣王失德 ，已经废立。此后皇帝位应该属于哪个人？”
裴炎应声说道：
“应立豫王。”
大家都说：
“我们赞成。完全赞成！”
豫王是武太后的第四个儿子李旦。他本名李旭轮，曾封殷王，又封豫王。后来改名李轮，又改名李旦。
高宗李治有八个儿子：
大儿李忠已死，刘氏能生。
二儿子李孝，郑氏所生，早年病死。
三儿李上金，杨氏所生。
四儿子李素节，萧淑妃所生。已被贬谪。
李弘、李贤、李显、李旦是武太后所生。
李弘被毒死，李贤被废 ，李显又被废，只剩李旦。
群臣当然拥戴李旦，从武皇后生的儿子里面选，别再没得选。
只是武皇后想自己做皇帝，裴炎等人众口一词，武太后又不便说明。
第二天，立李旦为皇帝，改年号为文明元年。
李旦豫王妃刘氏为皇后，儿子李成器为太子。
废中宗李显的儿子李重照为庶人。
李显岳父韦玄贞免去官职，流放至钦州服刑。
武太后临朝理政。
让皇帝李旦居住在侧边上的宫殿，不得参与朝政。
这时长安没有行政主官，武太后命刘仁轨为长安留守。
刘仁轨以自己衰老不能胜任推辞，并且上奏章给武太皇后说了汉朝刘邦妻子吕皇后篡权的事，劝武太后不要称帝。
武太后看了刘仁轨的劝谏书没有生气，安排侄子武承嗣去看望他。
武太子亲手写了一封信，回复刘仁轨说：
“新皇帝正在为先帝守丧，没法张口说话，暂时由我代替他发布一些政令。
这次烦劳您从遥远的长安写信劝谏我，您又说年老多病要辞职。
您言辞之间多有指责抱怨，使我忧虑不安。你的这些话使我睡不好觉，也无心吃饭。
您又说“吕皇后被后代耻笑，她的侄子吕禄、吕产给汉朝带来灾难”，比喻实在深刻 ，让我又欣慰有惭愧。
您忠贞为国的操守，始终不变，劲直的气节，古今罕见。
我觉得您好比汉朝的名臣萧何。
您居宰相之位，是朝中百官楷模。
您是先朝旧臣，朝野瞩目。希望您以国事为怀，不要以年老为理由请求退休。”
不久，朝廷封刘仁轨为乐城郡公。
刘仁轨遵从新令，改任文昌左相，同凤阁鸾台三品。
685年正月二十二月，刘仁轨逝世。享年八十四岁。
武太后为表示悲伤，辍朝三日。命在西京长安官员去他家中祭奠，追赠开府仪同三司，赐刘仁轨陪葬乾陵。
武太后担心废太子李贤出居巴州，或许有谋变情绪，密嘱将军邱神绩，让他骑快马驰赴巴州，逼令李贤自杀。
事后武太后又装模作样训斥邱神绩：
“你太残忍，谁让你逼杀我的儿子的？”
下诏贬他为叠州刺史。
武太后亲自到显福门举哀，追赠李贤雍王旧爵。又召回邱神绩任命为金吾将军。
这时宫廷里才知道武太后杀李贤的事。
李贤即死，武太后又猜忌李显，令他出居房州、又迁到均州。
朝廷进升武太后哥哥武元爽的儿子武承嗣为太常卿，同中书门下省三品。
武承嗣诺请求尊崇祖中，设立武氏宗庙。
裴炎劝谏说：
“太后母仪天下，当显示大公无私，不应厚待亲属。
汉朝吕氏封官吕禄、吕产，所以致败。太后难道没有听说么？”
武太后发怒说：
“吕氏滥封娘家人，所以灭亡。我是尊崇去世的祖辈亲人，有何妨碍？”
裴炎说：
“凡事当防微杜渐，不应该开了坏头，还望太后明察！”
武太后始终不听，并且憎恨裴炎。