紫金山南麓，独龙阜玩珠峰下，驻军林立，禁卫森严，明孝陵坐居其上；下方享殿烟雾缭绕，松涛林海，林中尚有千余头长生鹿徜徉流连；鹿鸣其间，端地是宝相庄严、气势非凡！当日赶来此处后，自神道下马坊开始；朱棣便亦步亦趋，好一番功夫才走过了大金门、碑亭、棂星门、御河桥。看看文武方门（即正门）已至，朱棣更是谢绝了旁人搀扶；沿途三拜九叩，这才抵达了朱元璋夫妇合葬的‘宝城’少时听得礼乐奏响，一俟献上了贡品，朱棣随即便开始正式祭告了起来。
告曰：我朱氏起自布衣，创堂皇大明，四方伏威。然后世子孙不念太祖创业艰危，重用奸党，罗织罪名，致使宗室凋零。诚此危亡之秋也！臣子棣虽不才，然得蒙天恩；这才南下京师，以期匡扶宗室以万一。而今奸朋已肃，朝堂清平。扶壁泣告，惟望太祖神灵不远！保我大明国运久昌，光耀祖宗社稷......说也奇怪，一番求祷过后；原本雾气氤氲的山中立时便天清气朗，现出了一派风清气正的朗朗乾坤景象！‘燕王应当承嗣大统！继江山社稷昌隆久盛’‘燕王万岁！’‘万岁，万岁，万万岁’......见状，一俟礼毕；当时便有人设下了法架奉上玉玺，开始欢呼朝拜了起来。
建文四年（公元1402年）六月十七日，朱棣与南京奉天殿登基，是为明成祖。
即位以后，朱棣首先宣布废除建文年号；并将建文元、二、三、四年依次改为洪武三十二至三十五年。接着取消其与太祖相悖各项改革，并将其间贬斥的官员，一律恢复职务；如靖难初期被贬的江阴侯吴高便被再次起用，守大同。同时诏抚百官，既是连此前连坐奸党的张紞、王钝等人，也一律按其才干；重新安置于朝廷任用。此外，朱棣还大赦天下；并广求贤才，令官府寻访隐逸山林的怀才抱德之士量材擢用......如此恩威并施之下，眼看人心悦服朝野称颂；朱棣这才宣布次年改元‘永乐’并由此开始了长达二十余年的统治。
在位期间，朱棣励精图治，多措并举；很快就摆脱了战乱遗祸，实现经济发展使国家繁盛富强呈现出天下大治的太平景象！政治上，考虑到北方尚有边患；新朝伊始，朱棣便诏改北平为北京，立北平布政司为京师，以加强北方控制。同时考虑到已废除了丞相制，由皇帝直管六部；冗务繁杂且效率低下，并完善文官制度逐渐形成了‘内阁制’有了这些私人顾问性质的内阁辅臣，皇帝不但能抽出身来专注于紧要政务；而且由于其并无裁决的权力，无形中便又增强了皇帝集权的能力。至于令人颇为头痛的削藩之事，朱棣则一概采用了现予后取的策略施行。
永乐元年（1407年）七月，刚刚御极改元的朱棣就在华盖殿宴请诸王。同时宣布此前被削废的周王朱橚、齐王朱博、代王朱桂、珉王朱楩等全部复其旧爵，令各归故封。其中周王因与朱棣为同母兄弟，受恩有加；除复王爵外，并增岁粟二万石。另外，有鉴于谷王朱橞在燕军进抵京师开门迎降有功；朱棣还特意赐乐七奏、卫士三百，改封长沙并增岁禄二千石。而后与当年十一月，削革代王朱桂的三护卫及官属；永乐四年（1406年）五月，削去齐王朱樽的官属与护卫；八月，废齐王为庶人......多年恩威并施之下，及至永乐十九年（1412年）；迫使周王朱橚主动献还了三护卫后，便基本实现了和平削除藩王兵权的目的。