洪武三十年（1383年）元太尉纳哈出拥众金山，率侵辽东。朱元璋命冯胜为大将军、傅友德、蓝玉为左、右副将军；率师二十万北征。此战明军大获全胜，一举降服了元将纳哈出。但是北元衰微后，其统治区却又出现了多个蒙古割据政权；仍然不时南侵……这其中，尤其以托古思帖木儿为代表的北元小朝廷实力最为强劲，为祸最深！因此朱元璋遂与次年任命蓝玉为大将军，率领十五万大军出塞北征，以肃清沙漠，将北元彻底终结。作为后起之秀的军中翘楚，蓝玉也确实不负众望！当日与捕鱼儿海（即今贝尔湖）一战中，不但使对方主力遭到了毁灭性打击；而且还彻底摧毁了北元小朝廷。并俘获了包括已故君主爱猷识礼达腊的妻子、现任君主托古思帖木儿的后妃与次子地保奴、公主等各类达官贵人二千九百九十九人、男女七万七千余人，以及宝玺、金银印信等物与马、驼、牛、羊十五万余头！再将其甲仗积蓄一并焚毁后，捷报传至京师，朱元璋大喜；赐诏奖励慰劳，将蓝玉比作卫青、李靖。而后蓝玉又继续肃清北元残余，获人、畜六万，班师回朝，晋升为凉国公......然而面对朝廷的优礼有加，作为常遇春、徐达死后军中为数不多的统帅；蓝玉却日益专横，越发地骄狂跋扈！
统兵期间，蓝玉独断专行；将校升迁，全凭一己心意。
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同时他还蓄养了数百庄奴、义子，这些人乘势横行霸道；由于其强占东昌民田，被御史查问，蓝玉大怒，将御史赶走。
不久率军北征南返时，夜抵喜峰关，因守关官吏没能及时开门接纳；蓝玉便纵兵毁关，破门而入！
后来捕鱼儿海一战不久，当时就有人说蓝玉与北元嫔妃有染；导致元妃羞愤自杀......凡此种种，被人告发后；朱元璋却也只是问诫了事，并未过分苛责。原以为其定会引以为戒，
却不料！蓝玉不但越发骄横妄为；而且还时常狂言顶撞！以至于有一次犒赏功臣时，当得知朱元璋有意将其封为太子太傅后；蓝玉不但对位居宋国公（冯胜）、颖国公（傅友德）之下公然表示了不满，而且还当面质问道‘难道以我之才，还无法胜任太师吗？’此时虽然受到了顶撞，但朱元璋还是一笑置之。及至当日得知蓝玉玷污北元皇妃致其自杀之时，朱元璋却也只是将本欲封赏蓝玉的梁国公爵位改作凉国公；并将其所犯过失刻在了赐予的免死鉄券上，以示惩戒。可面对朱元璋敦敦善诱的一再忍让，蓝玉非但丝毫不知收敛；而且还变本加厉；甚至经常对其口出怨言！即便如此，朱元璋却还是隐忍不发，只待其真心回转。然人算不如天算！不久后随着一件意外的突然到来，还是使朱元璋不得不改变主意对其开始了小心提防。
此事还要从太子朱标说起：当日确定了朱标为储君后，为使其日后顺利执掌江山；朱元璋随即便对朱标开始了悉心培养。不但有意命其共同料理朝政，而且还几乎倾尽大明家底；挑出了肱骨之臣前去辅佐太子。这其中，除了命左丞相李善长兼任太子少师外；朱元璋还挑出了以右丞相徐达、中书平章政事常遇春为首的众多名将，为其打造了一支足以睥睨天下的武将班底！因此常遇春、徐达死后，眼见蓝玉已成为了太子武将班底的领军人物；朱元璋这才对其隐忍多年一味迁就。